Անի քաղաքի հարավային եզրին կանգնած է վեհաշուք Մայր տաճարը՝ Սուրբ Աստվածածին եկեղեցին: Այն համարվում է Անիի եկեղեցիների թագուհին, իսկ որոշ մասնագետներ այն համարել են Կովկասի ճարտարապետության զարդը: Ինչպես վկայում են մի շարք աղբյուրներ, տաճարի շինարարական աշխատանքները սկսվել են 989 թվականին՝ Սմբատ II թագավորի օրոք (977-89թթ.): Սակայն շինարարական աշխատանքները որոշ ժամանակով դադարեցվել են, և 1001 թվականին Գագիկ Բագրատունու կնոջ՝ Կարտամիդեի պատվերով ՝ վերջնականապես ավարտվել: Անիի Մայր տաճարի ճարտարապետը հայտնի Տրդատն էր, ով վերակառուցել էր Սուրբ Սոֆիայի տաճարի գմբեթը: Անիի պաշարման ժամանակ՝ 1064 թվականին, Մայր տաճարը խորհրդանշական նշանակություն է ունեցել. երբ հաղթանակ տարած սելջուկ-թուրքերը պաշարեցին քաղաքը, նրանցից մեկը բարձրացավ տաճարի տանիքը և տապալեց գմբեթի վրայի մեծ խաչը: Անիի Մայր տաճարը հետագայում վերածվում է մզկիթի և վերանվանվում է՝ կրելով Հաղթանակի մզկիթ անունը (Fethiye Camii): Ասում են, որ այս խաչը հետագայում ամփոփվել էր տաճարի շեմի տակ, որպեսզի այն շարունակաբար ոտնահարելը հեշտ լիներ: 1124 թվականին Մայր տաճարը կրկին վերածվում է քրիստոնեական սրբավայրի, և ըստ արձանագրության, XIII դարում այնտեղ իրականացվել են վերակառուցման աշխատանքներ: 1319 թվականի ավերիչ երկրաշարժի հետևանքով վայր է ընկնում եկեղեցու գմբեթը, իսկ մեկ այլ՝ 1832 թվականի երկրաշարժից փլուզվում է գմբեթի թմբուկը : Տաճարի հյուսիս արևմտյան անկյունում առաջացած լայն բացվացքը 1988 թվականի երկրաշարժի հետևանքն է, որը նաև լուրջ վնասել է կառույցի հարավ արևմտյան անկյունը, իսկ մինչև 1998 թվականը մասամբ փլուզվել է տանիքը: Այժմ արևմտյան ճակատը ամբողջությամբ փլուզման վտանգի տակ է:
